La fundación de Hermandad de Jesús Nazareno de Mixco se gestó en el año 1913 a raíz de algunos problemas de organización con el cortejo procesional, en febrero del año 1914 al primer mayordomo de la Cofradía, Juan Yantuche, inicia con la organización de la “Hermandad” y fue así como surge la Hermandad de Jesús Nazareno, institución que desde ese momento se encargó del culto y veneración de la imagen de Jesús Nazareno de Mixco.
Década de 1920
Se realizaban dos cortejos con la imagen de Jesús, la primera se realizaba el de Domingo de Ramos y la otra el Jueves Santo. El cortejo del Domingo de Ramos se suprimió en el año 1941, siendo el año de 1940 el último en que se realizó éste cortejo.
Mucho antes que la Santísima Virgen de Dolores, San Juan y Santa María Magdalena, Jesús era acompañado en sus procesiones por la imagen de Serapia, o sea “la Verónica”. Dejó de salir en el año de 1950. Al Nazareno se le realizaban dos velaciones: el 15 de enero (Día del Señor de Esquipulas) y el Domingo de la Ascensión. Un dato especial de los inicios del cortejo es que a Jesús se le procesionaba en una pequeña anda de 6 brazos, con Palio.

El Jueves Santo en Mixco, todas las calles se transforman en largas exposiciones del arte, con estas bellas alfombras.
Década de 1930
Según consta en documentos parroquiales se reconoce a la Hermandad de Jesús Nazareno como invitada especial para un cortejo que se realizaba algún Domingo Cuaresmal con la Imagen del Señor Sepultado, en los años 1931, 1932 y 1933.
En el año de 1938 se estrena y bendice “el altar y la capilla de Jesús”. Dicha labor fue a iniciativa de Mariano Muñoz y Francisco Ambrosio. Ésta capilla consistía en un altar de cedro, con piso de cemento. La bendición de la capilla y el altar se realizó el Primer Domingo de Cuaresma de aquella época (6 de marzo de 1938). Toda la obra tuvo un costo de Q.264.52
En 1,938 se mandó a hacer un anda de 18 brazos color vino tinto para ser estrenada la siguiente Semana Santa, el Jueves Santo 6 de abril de 1939. Dicha anda tuvo un costo de Q.93.30 y los 18 ganchos costaron Q.18.00
Década de 1940
En el año de 1941 se suprime la procesión de Domingo de Ramos, siendo el último año en efectuarse ésta el año de 1940.
El 27 de abril de 1941 la Junta Directiva aprobó el presupuesto presentado por el escultor Alberto Coronado por el cual se acordó: “la construcción de tres imágenes, por lo cual son una Dolorosa, un San Juan y una Magdalena…”. Cada imagen costó Q.17.50
Década de 1950
En las inscripciones para la procesión de Jueves Santo de 1,951 se implementa el sistema de contraseñas en lugar de los recibos de ofrenda. En 1,951 deja de salir “La Verónica” acompañando a Jesús. En 1,952 se organiza por primera vez “los turnos de honor”, tanto para la salida como para la entrada de la procesión de Jueves Santo.
El 17 de mayo de 1953 Junta Directiva celebró un contrato con el escultor Julián Lara Alvarado, con el fin de que trabajara estructuralmente a la imagen de Jesús para que quedara “de una pieza”: básicamente le agregó piernas, ya que era una imagen de bastidor. El costo del trabajo fue de Q.70 y se realizó en la sacristía del templo.
El 18 de abril de 1954 Junta Directiva presentó una moción con el proyecto de hacer una capilla para Jesús en el terreno que el cura párroco le concede a la Hermandad; eran los párrocos en aquella época Víctor Tello Ávila y Tepofilo Solares Castillo. Así se gestó la construcción de la capilla actual de Jesús Nazareno en el ala sur del templo parroquial.
Como una forma de poder recaudar fondos para la construcción de la capilla, el 17 de agosto de 1958, Junta Directiva acordó la creación de la Procesión del Silencio a realizarse el Primer Sábado de Cuaresma de 1,959. Ésta procesión cumplió en la Cuaresma del 2,008 50 años de efectuarse.
Esa misma fecha se acordó la creación de un escuadrón cuyo uniforme sería de túnica, tapasol y caites para portar el santo viacrucis. Fue el primer escuadrón creado que salió por primera vez el Jueves Santo de 1959. Actualmente es el escuadrón de palestinos, siendo el más antiguo de todos. El 10 de julio de 1,960 se acordó crear una asociación de auxilio póstumo.
Década de 1960
A partir del año 1,961 la Procesión Infantil cambió su fecha y se realizó el Domingo de Pasión (Quinto Domingo de Cuaresma) ya que anteriormente salía Domingo de Ramos, pero por contratiempos era muy difícil.
Bendición e inauguración de la capilla de Jesús Nazareno. Se llevó a cabo el 9 de diciembre de 1,962 y hay una placa conmemorativa en la capilla. El párroco era Adrián Martínez Rodríguez.
Década de 1970
Se estrena el Jueves Santo de 1,973 la marcha “Nazareno de Mixco”, autoría del maestro Víctor Manuel Lara Gaitán, según fecha de la partitura. El 16 de enero de 1,975 se crea el escuadrón de Romanos para salir por primera vez el Jueves Santo de ese mismo año.
Por el terremoto del 4 de febrero de 1,976 la capilla sufrió daños mínimos en el camarín de Jesús. El daño fue reparado gracias a la colaboración de los devotos.
En 1,977 hay un aumento al anda de Jesús, pasa de 44 a 50 brazos. El 29 de abril de 1,979 Junta Directiva acordó instituir la Procesión de Velación de Jesús y la Santísima Virgen de Dolores. Se programó para efectuarse en noviembre de ese mismo año. Dicha procesión dejó de realizarse por disposiciones eclesiásticas en el año 2011, siendo el 2010 último año en el cual se efectuó ésta procesión. Actualmente se hace una solemne velación, sin cortejo procesional.
Década de 1980
El 6 de septiembre de 1,981 Junta Directiva acordó mandar a restaurar a la Virgen de Dolores, San Juan y Santa María Magdalena para que se le agregaran piernas, ya que al igual que Jesús, eran de bastidor.
En 1983 se celebraron las bodas de plata de la procesión del silencio.
Desde 1,983 la Junta Directiva decide que la Procesión de Jueves Santo del año 1,984 llegue hasta el Barrio El Cerrito. Éste 2,014 se cumplen 30 años desde la primera vez que subió a dicho barrio.
El 25 de enero de 1987 se presenta a la Junta Directiva la propuesta de fundar el escuadrón de Galileos.
Década de 1990
Para la Cuaresma de 1994 se organizó el primer concierto de marchas fúnebres; en el 2,013 se realizó la vigésima edición de dicho concierto.
El 6 de abril de 1997 Junta Directiva toma el proyecto de mandar a hacer un anda nueva por los daños que tenía el anda que se usaba en esos años. Se propusieron estrenarla para la Semana Santa siguiente. El trabajo del anda nueva fue encargada al carpintero Guillermo Morales López por Q.43, 000.00. Dicha anda se estrenó para el Jueves Santo de 1998.
Entronización de la Imagen de Jesús Nazareno de Mixco
El 11 de mayo de 1,998 gracias a la asesoría espiritual de Monseñor Marco Aurelio González Iriarte, Junta Directiva acordó realizar la “Entronización de Jesús en nuestros corazones”. Para ello se hizo una semana preparatoria de la entronización del lunes 18 de mayo al sábado 23 de mayo. El Sábado 23 de mayo se realizó el rezo del Santo Rosario con exposición del Santísimo Sacramento a las 20:00 horas y seguidamente dio inicio la Santa Eucaristía celebrada por Monseñor Marco Aurelio González Iriarte.
Consagración
Luego del proceso de entronización, el 19 de julio de 1998 el párroco director José Lino Santos y Raúl Ambrosio como presidente, envían una solicitud al Arzobispo Próspero Penados del Barrio para pedir la consagración de Jesús Nazareno de Mixco. Dicha solicitud fue resuelta favorablemente y se fijó como fecha del de consagración acto el 6 de junio de 1999. Se hicieron muchas actividades preparatorias y conmemorativas a tan magno evento, siendo el culmen el solemne acto de Consagración el Domingo 6 de junio de dicho año, durante la misa especial de 10:00 AM. Seguidamente hubo un cortejo procesional con matiz festivo.
Década de 2000
En el año 2004 se hicieron las gestiones administrativas correspondientes ante el Ministerio de Cultura y Deportes para la restauración de Jesús Nazareno. El 12 de abril de 2005, luego de la Semana Santa, Jesús fue llevado los talleres del Centro de Restauración de Bienes Muebles (CEREBIEM) del Ministerio de Cultura y Deportes. El proceso duró 10 meses, regresando la imagen de Jesús a Mixco el sábado 25 de febrero del año 2006, una semana antes de la Cuaresma.
En el 2,008 se cumplieron 50 años de realizarse la procesión del Silencio desde su institución en el año 1959.
El 6 de junio de 2009, con motivo del Décimo Aniversario de Consagración, el Concejo Municipal de Mixco, por unanimidad de votos, declaró a la Consagrada Imagen de Jesús Nazareno como “Protector Perpetuo de Mixco”, advocación con la que es conocido actualmente. También ese mismo año fue la última procesión conmemorativa que se hizo del Aniversario de Consagración de Jesús Nazareno.